Хотя я хочу сообщить вам, что я не полностью понял ваш вопрос, но, глядя на код, я вижу следующую ошибку, которая может вызвать у вас проблему.
for i in range(len(Data)):
j=i+1
while j < len(Data):
if(Data['key (Sum(col1to6))'][i]!=Data['key (Sum(col1to6))'][j]):
break;
if (Data['key (Sum(col1to6))'][i]==Data['key (Sum(col1to6))'][j]) and Data['value'][i]<10:
Data['ouput_code'][i]=Data['Col6'][i]+Data['Col6'][j]
else:
#Data['ouput_code']=Data['Col6'] # <== Here you are over writing the whole ouput_code column
Data['ouput_code'][i]=Data['Col6'][i] # <== I believe what you want to do is update just one entry
j=j+1
print ('last',i)
Это то, что вы хотели сделать?
Спасибо