Модель - это обычно группа классов / типов / компонентов, представляющих основной домен (бизнес или иным образом), в котором работает ваше приложение. Это классы, которые выполняют необходимую логику ключа, часто в форме бизнес-правил, а также используют / манипулируют данными.
В вашем многоуровневом примере Модель в основном находится на уровне домена, но также может быть на уровне приложений.
Я думаю, что вам трудно понять это, потому что вы пытаетесь объединить два отдельных архитектурных паттерна или способы взглянуть на приложение, будучи n-уровневым / n-слойным по сравнению с MVP.
Вполне разумно (и довольно распространено) использовать какой-либо подход Модель / Представление, в то же время применяя наложение в вашем приложении.
Может быть, вам следует сосредоточиться на них по одному, чтобы начать с них, а затем наложить их, когда вы более знакомы с обоими.