CustomAction не может изменять содержимое базы данных (оно доступно только для чтения во время выполнения). Вы должны взять на себя все создание ярлыка. Я бы порекомендовал лучший инструмент для создания установщика Windows, прежде чем делать это, поскольку вам нужно будет написать много кода для обработки сценариев отката для установки и удаления, а также подсчета ссылок.
Существуют лучшие инструменты, чем проекты развертывания Visual Studio. Некоторые, такие как WiX toolset , бесплатны (полнофункциональны, но требуют дополнительной работы).