ОК, я как-то решил свою собственную загадку.
По сути, то, что пошло не так, не является частью моей IDE выбора PyCharm.
Я забыл, что я использовал репозиторий git для всех своих проектов, и каким-то образом конфигурация терминала из PyCharm использовала один и тот же путь для каждого проекта, даже если Интерпретатор использует созданный venv.
Поэтому я просто удалил весь каталог и создал новый. Теперь все работает так, как должно быть.