Вы можете попробовать это:
например, у меня есть проект:
/project
/lib
test-1.0.0.jar
/doc
test-1.0.0-javadoc.jar
добавить в .classPath
:
<classpathentry kind="lib" path="lib/test-1.0.0.jar">
<attributes>
<attribute name="javadoc_location" value="jar:platform:/resource/project/doc/test-1.0.0-javadoc.jar!/" />
</attributes>
</classpathentry>