У меня такая же проблема. У меня есть файл axd, зарегистрированный в файле web.config. Сайт работает нормально в любых условиях, единственное, что не работает, это ссылка на Axd.
При использовании сервера разработки asp.net (cassini) все работает отлично.
h t t p: / / localhost: 5059 <- отлично работает </b>
Но если я использую экземпляр IIS на машине и правильно созданный виртуальный каталог на моей машине ...
h t t p: / / localhost / appName <- Не работает. </b>
Сайт рендерится, но вызовы axf завершаются неудачно (404). Так что это не неправильно зарегистрированный обработчик, проблема с правами доступа или неправильно записанный URL.
Кроме того, если я разверну его на сервере под доменным именем в качестве виртуального каталога, он также будет работать там.
h t t p: / / www.adomainname.com/appname <- отлично работает </b>
Единственная проблема - разработка с использованием IIS, а не Cassini.