Пожалуйста, установите ваш .htaccess на это
DirectoryIndex index.php
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|(.*)\.swf|forums|images|css|downloads|jquery|js|robots\.txt|favicon\.ico)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ ./index.php?$1 [L,QSA]
И в конфиге используйте это
$base = "http://".$_SERVER['HTTP_HOST'];
$base .= str_replace(basename($_SERVER['SCRIPT_NAME']),"",$_SERVER['SCRIPT_NAME']);
$config['base_url'] = $base;
$config['index_page'] = '';
Надеюсь, это будет работать:)