Я не уверен, что полностью понимаю, но я просто удаляю пару файлов t4 / tt, которые включены в модель, и ранее сгенерированные файлы классов. Они не возвращаются на EF6.
Затем я удаляю их и обновляю модель из базы данных:
и они не возвращаются:
Это из EF 6.2:
Вы уверены, что не имеете дело с какой-то проблемой контроля версий?