Звучит так, будто ваш код подходит к тому моменту, когда вы заканчиваете WAR-подход и переходите на уровень EAR.
EAR - это просто еще один архив, содержащий все другие JAR и WAR, которые объединяются для создания приложения. Внутри него могут находиться четыре типа модулей: Web, EJB, Connectors и Utilities. Большинство людей используют только Интернет и утилиты, поэтому они используют подход WEB-INF / lib.
Но если вы начинаете получать много взаимозависимостей, то, что вы делаете, создает проект EAR и делает свой веб-проект дочерним по отношению к нему. Каждый Utility JAR, который является простым Java-кодом, используемым другими модулями, также становится дочерним для EAR. Наконец, в каждом из ваших проектов должен быть файл META-INF / manifest.mf, в котором просто указано имя JAR-файла, от которого зависит JAR / WAR.
Я парень по затмениям, и большинство из них позаботятся о вас в затмении, но я уверен, что у netbeans очень похожая функциональность.
Теперь единственная проблема заключается в том, что вам нужно использовать полноценный сервер Java EE для развертывания EAR, поэтому я не думаю, что вы можете использовать Tomcat, если вы используете его сейчас.