Если другие деинсталляторы сделаны Inno Setup, то я не думаю, что вам нужно делать что-то особенное.
Деинсталлятор, созданный Inno Setup, действительно клонирует себя и запускает свой клон изнутри. Но он ждет, пока клон фактически завершит удаление, прежде чем закроется сам. Единственное, что делает клон после закрытия основных процессов деинсталлятора, это то, что он удаляет исполняемый файл деинсталлятора (и его файлы данных). Я не думаю, что вам действительно нужно ждать, чтобы сделать это. Но если вы это сделаете, просто подождите, пока файлы деинсталлятора пропадут, прежде чем продолжить работу с другим деинсталлятором.