Если для параметра «Платформа» установлено значение «Любой ЦП» (по умолчанию), то вам не нужно перекомпилировать. Вы можете найти этот раскрывающийся список, перейдя на вкладку Build в свойствах проекта. .NET Framework достаточно умен, чтобы приспособиться к любой платформе, если этот параметр включен.
Я работаю в той же среде, которую вы описали с этими настройками, и у меня нет проблем.
Редактировать: Хороший вопрос, который описывает это далее - Скомпилируйте ASP.NET до 64 бит .