Я попробовал вот так, смог перечислить все репозитории, но не все сразу.
Существует поле с именем 'endCursor', когда вы запустите запрос для first: 100, вы получите некоторое значение для endCursor, а затем в поисковом запросе укажите значение endCursor для поля 'after', как показано ниже:
search(query: "-js created:>2015-01-01 language:JavaScript",
type:REPOSITORY, first: 100, after: "endCursor value")
Таким образом, вы можете получить следующие 100 репозиториев, аналогично сделать так, чтобы оставшиеся репозитории были перечислены.