Какое значение p для каждого отдельного теста в моей функции prop.test? (См. Код ниже).
При выполнении множественного тестирования (в данном случае k = 10 000 тестов) я хочу найти альфа для каждого отдельного теста в prop.test, поскольку, очевидно, это не 0,05. Функция prop.test должна каким-то образом корректировать значение p.
После чтения в Интернете и в R (набрав в консоли prop.test) я не нашел ответа на вопрос, что такое p-значение и как его получить. Я понимаю, что набор prop.test в консоли может помочь, но я попробовал это и не смог понять код prop.test достаточно хорошо, чтобы понять, что такое альфа (для отдельного теста). Поэтому я был бы признателен, если бы кто-нибудь мог объяснить, как я могу получить это число для альфа (для индивидуальных тестов).
Большое спасибо заранее,
/ Pedram
k <- 10000
pH0 <- 1:k
pH1 <- 1:k
nA <- 4000
nB <- 4000
p0 <- 0.01
p1 <- 2*p0
a = 0.05
pD = a
for(i in 1:k)
{
x1 <- rbinom(1,nA,p0)
x2 <- rbinom(1,nB,p0)
y <- rbinom(1,nA,p1)
pH0[i] <- prop.test(c(x1,x2),c(nA,nB))$p.value < pD
pH1[i] <-prop.test(c(x1,y),c(nA,nA))$p.value < pD
}
print(paste("FDR =",sum(pH0)/sum(pH0+pH1)))
print(paste("True positives =",sum(pH1)/k))
print(paste("FWER =",(1-((1-pD)^k)))