Как использовать строки из списка в качестве переменных в mediate и lm в R?

Question

Я пытаюсь запустить много анализов посредничества и сделать это быстрее Я пытаюсь поместить функции lm () и mediate () в цикл for.Затем я передаю список списков в цикл, где каждый элемент списка представляет собой список из трех в форме c ("", "", "").

Передача элементов в цикл и исключение из спискаих иметь одинарные строки для переменных X, M и Y - это нормально.Я пробовал много вариантов get (), eval () и assign () внутри функции mediate (), но безрезультатно.Я думаю, это связано с моим использованием get () в lm ().

То, как должен выглядеть мой код:

MedVarList <- list(c('SCI', 'rMEQ', 'SIDAS'))

for(i in MedVarList){
    X <- unlist((i)[1])
    M <- unlist((i)[2])
    Y <- unlist((i)[3])

    model.M <- lm(get(M) ~ get(X), data = NewScDat) 
    model.Y <- lm(get(Y) ~ get(X) + get(M), data = NewScDat)

    results <- mediate(model.M, model.Y, treat=get(X), mediator=get(M),
                       boot=TRUE, sims=500)
    }

Биты model.M и model.Y работают нормально.Это угощение = и посредник = внутри посредника (), которое я просто не могу понять.Я получаю эту ошибку:

Error in get(X) : object 'SCI' not found

Если я изменяю вызов mediate () для непосредственного включения имен переменных, я получаю другую ошибку:

results <- mediate(model.M, model.Y, treat='SCI', mediator='rMEQ', 
                   boot=TRUE, sims=500)

Error in `[.data.frame`(m.data, , treat) : undefined columns selected

Затем я подумал, что lm ()может быть, использовать «get (X)» в качестве имени переменной вместо «SCI», что get (X) выделяет изначально:

results <- mediate(model.M, model.Y, treat='get(X)', mediator='get(M)',
                   boot=TRUE, sims=500)

Error in get(M) : object 'rMEQ' not found

И просто чтобы проверить, что происходит, я посмотрел на то, что get(X) и get (M) теперь выплевывают:

get(X)

Error in get(X) : object 'SCI' not found

get(M)

Error in get(M) : object 'rMEQ' not found

Что я действительно пытаюсь достичь, так это иметь возможность запускать mediate () внутри цикла, используя список списков, как описано выше,Я делаю это, чтобы избежать повторения нескольких функций mediate () при ручной настройке.

Answer 1

Вот мое MWE успешного решения:

library(mediation)

MedVarList <- list(c('SCI', 'rMEQ', 'SIDAS'))

for(i in MedVarList){
    X <- unlist((i)[1])
    M <- unlist((i)[2])
    Y <- unlist((i)[3])

    FormulaM <- paste(M,X,sep = " ~ ") # Results in a string "rMEQ ~ SCI"
    FormulaY <- paste(Y,"~", X,"+",M,sep=' ') # Results in a string "SIDAS ~ SCI + rMEQ"

    model.M <- lm(FormulaM, data=df) 
    model.Y <- lm(FormulaY, data=df)

    results <- mediate(model.M, model.Y, treat=X, mediator=M,
                      boot=TRUE, sims=500)
}

Спасибо за советы и предложения всем. @Parfait - я включил dput (), но не могли бы вы указать мне на FAQ или подобное объяснение причин этого?

РЕДАКТИРОВАТЬ - я понимаю, что такое dput () и делает сейчас, поэтому я удалил его из MWE, потому что использовал его не по назначению.

Более полный пример, включая полезную запись результатов для всех, кому это необходимо:

MedVarList <- list(c('SCI', 'rMEQ', 'SIDAS'))

NBootstraps = 5000
MediationResults <- list()

j <- 1

for(i in MedVarList){
    X <- unlist((i)[1])
    M <- unlist((i)[2])
    Y <- unlist((i)[3])

    FormulaM <- paste(M,X,sep = " ~ ")
    FormulaY <- paste(Y,"~", X,"+",M,sep=' ')

    model.M <- lm(FormulaM, data = NewScDat)
    model.Y <- lm(FormulaY, data = NewScDat)

    MediationResults[[j]] <- summary(mediate(model.M, model.Y, treat=X, mediator=M,
                                                         boot=TRUE, sims=NBootstraps))
    j <- j + 1
}