Это кажется странным поведением расширения VS Code Python. У меня была такая же проблема с простым нажатием F5 . Выбор «Запуск файла Python в терминале» из контекстного меню решил проблему для меня, так как он не выполняет файл с каким-либо беспорядком, к которому присоединяется стандартная операция.