Лучшим вариантом, вероятно, является (пере) написать верхний и нижний колонтитулы, используя python.
Если верхний и нижний колонтитулы относительно статичны, вы также можете сгенерировать их один раз с помощью php (или один раз каждые x минут) и включить их из файловой системы. (Возможно, вы уже подумали об этом и отклонили эту идею, потому что ваши сайты слишком динамичны, чтобы использовать эту опцию?)
Хотя я не очень рекомендую его, вы также можете использовать некоторую форму AJAX для загрузки частей страницы, и ничто не мешает вам загружать этот контент из системы на основе php. Это может сохранить все части динамическими. Ваши страницы, вероятно, будут выглядеть некрасиво при загрузке, и теперь вы генерируете больше обращений к серверу, чем нужно, но если это большой сайт, он может быть большим.
Предупреждение: если у вас есть логины пользователей в обеих системах, вы, вероятно, столкнетесь с проблемами, когда люди будут заходить только на половину вашего сайта.