Кажется, проблема в том, что вы не меняете ссылку при создании экземпляра BigRock.
BigRock, как префаб, отличается от GameObject, который был создан. У вас должна быть вторая переменная, ссылающаяся на новую порожденную породу.
Помните, что первый не существует на сцене, поэтому вы должны сохранить тот экземпляр внутри сцены.
// This will be the reference to the PREFAB
public GameObject big_rock;
// This will be the referenced to the new spawned gameobject
private GameObject spawned_big_rock;
private void SpawnRock()
{
GameObject gameobjectThatWeJustSpawned = Instantiate(big_rock);
// We set the reference to the one that was spawned
spawned_big_rock = Instantiate(big_rock);
}
public void DestroyRock()
{
// We destroy the one that was spawned
Destroy(spawned_big_rock);
}