Рассматривали ли вы добавление его в js-файл библиотеки прототипов? Таким образом, всякий раз, когда загружается прототип, он автоматически отключает jquery.
Мы сделали то же самое с mootools.
В ответ на ваш вопрос, если плагин написан правильно, вам не нужно менять его там. Следующее соглашение должно обернуть плагин, обеспечивая правильную работу, даже когда noconflict был включен.
;(function($) {
//plugin code
})(jQuery);