Ошибка предиката (Biseq) в sendmaster (try (eval (expr, env), silent = true))

Question

Я делаю Biseq DMR анализ и достиг plotMeth функция. Я запускал этот сценарий много раз раньше без проблем, но теперь я получаю странную ошибку, которую я не могу понять или решить.

Анализ Biseq DMR проводился на 15 пт. образцы и 6 образцов ctrls (все очень большие файлы покрытия от BISMARK). Чтобы сравнить результаты с результатами, полученными из Methylkit, я снизил perc.samples до 0,35 для кластерных сайтов и max.distance = 75. В противном случае все было выполнено как в виньетке.

Примечание: раньше, когда у меня был perc.sample = 4/5, весь анализ работал отлично.

> seqdata.clust.lim90_med_lowcov
class: BSraw
dim: 4129419 21
metadata(0):
assays(2): totalReads methReads
rownames(4129419): 1 2 ... 7894313 7347981
rowData names(1): cluster.id
colnames(21): Ctrl1 Ctrl2 ... 184 1.363
colData names(3): group sex age
> predictedSmoothMeth_med_lowCov<-predictMeth(object = seqdata.clust.lim90_med_lowcov,mc.cores = 6)

Сообщение об ошибке:

  |=================                                                     |  24%Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE)) :
  write error, closing pipe to the master
Error in as(from, to_class, strict = FALSE) :
  no method or default for coercing “list” to “GRanges”
> predictedSmoothMeth_med_lowCov
>
> predictedSmoothMeth_med_lowCov<-predictMeth(object = seqdata.clust.lim90_med_lowcov,mc.cores = 6)
  |===                                                                   |   5%Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE)) :
  write error, closing pipe to the master
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE)) :
  write error, closing pipe to the master
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE)) :
  write error, closing pipe to the master
  |============                                                          |  17%^C