Когда ваше приложение возвращается из фона, события делегата приложения будут поступать в следующем порядке:
applicationWillEnterForeground(_:)
application(_:open:options:)
applicationDidBecomeActive(_:)
Таким образом, к тому времени, когда приложение станет активным, легко узнать, является ли это из-за схемы URL или нет.