Для этого вы должны использовать функцию Matplotlib scatter .Например,
from matplotlib import pyplot as pl
ra = [25.4, 35.6]
dec = [45.5, -12.7]
ang_err = [2, 3]
energy = [10, 5]
fig, ax = pl.subplots()
ax.scatter(ra, dec, s=ang_err, c=energy, cmap='RdBu')
В качестве альтернативы вы можете использовать что-то вроде морской волны и ее диаграмму рассеяния :
import seaborn
ra = [25.4, 35.6]
dec = [45.5, -12.7]
ang_err = [2, 3]
energy = [10, 5]
data = {'ra': ra, 'dec': dec, 'ang_err': ang_err, 'energy': energy}
fig = seaborn.scatterplot(x='ra', y='dec', data=data, hue='energy', size='ang_err')