Основываясь на вашем описании, вы должны, помимо прочего, ограничить область действия кода тем, что вы на самом деле выбрали. В этом случае попробуйте:
Sub CommentOutParenthsLocal()
Application.ScreenUpdating = True
Dim myRange As Range
Set myRange = Selection.Range
With Selection.Range
With .Find
.Text = "\(*\)"
.Forward = True
.MatchWildcards = True
.Execute
End With
Do While .Find.Found = True
If .InRange(myRange) = False Then Exit Do
.Comments.Add .Duplicate, .Text
.Text = vbNullString
.Find.Execute
Loop
End With
Application.ScreenUpdating = False
End Sub