Массивы будут работать намного быстрее, если у вас много операций.
Это почти не зависит от языка. Массивы легче доступны благодаря тому, что они находятся рядом друг с другом в памяти, в то время как со структурами вы нарушаете структуру памяти, поэтому вы отключаете возможность кэширования, что требует больше времени для чтения из памяти. Кроме того, операции openMP / multi-thread в MATLAB отлично работают в массивах, а в структурах - нет.