Предполагая, что 2 матрицы имеют размеры, а имена столбцов и имена строк совпадают (хотя они могут отображаться в разном порядке), вы можете получить желаемый результат с помощью следующего:
Time2 = Time2[rownames(Time1), colnames(Time1)]
Например
set.seed(1)
Time1 = replicate(5, sample(0:1, 5, replace = T))
Time2 = replicate(5, sample(0:1, 5, replace = T))
colnames(Time1) = rownames(Time1) = c("22B", "13B", "999B", "11B", "03B")
colnames(Time2) = rownames(Time2) = c("22B", "999B", "11B", "13B", "03B")
> Time1
23B 13B 999B 11B 03B
23B 0 1 0 0 1
13B 0 1 0 1 0
999B 1 1 1 1 1
11B 1 1 0 0 0
03B 0 0 1 1 0
> Time2
22B 999B 11B 13B 03B
22B 0 0 1 1 1
999B 0 1 1 1 0
11B 0 0 0 1 0
13B 1 0 1 1 1
03B 0 1 0 1 1
# Notice that Time1 and Time2 are similar to your example but with different entries. The column names and row names are the same but in different order
Time2 = Time2[rownames(Time1), colnames(Time1)]
> Time2
22B 13B 999B 11B 03B
22B 0 1 0 1 1
13B 1 1 0 1 1
999B 0 1 1 1 0
11B 0 1 0 0 0
03B 0 1 1 0 1