Проблема с тем, что вы пытались сделать, состоит в том, что вы хотите, чтобы регулярное выражение (то есть шаблон) было \"
, но обратные слэши являются специальными для R, поэтому вам нужно записать его дважды в R, чтобы оно заканчивалось как один обратный слешв шаблоне.
Например,
withquotes <- ' this is a double quote: " '
gsub('\\"', "gone!", withquotes)
# [1] " this is a double quote: gone! "