Вы, вероятно, хотите сначала расширить путь перед его использованием. Таким образом, переменная (и) среды, встроенная в строку, может быть заменена эквивалентным значением переменной. В результате чего действительный базовый путь для конфигурации.
var AzureWebJobsScriptRoot = "%HOME%\site\wwwroot";
var expandedRootPath = Environment.ExpandEnvironmentVariables(AzureWebJobsScriptRoot);
var config = new ConfigurationBuilder()
.SetBasePath(expandedRootPath)
.AddJsonFile("Settings.json", optional: true, reloadOnChange: true)
.AddEnvironmentVariables()
.Build();
Ссылка Environment.ExpandEnvironmentVariables (String) Метод