Как построить тепловую карту по хромосоме в R

Question

У меня есть таблица данных в следующем формате:

set.seed(1)

dt <- data.table(
chromosome = c(rep(1, 100), 
     rep(2, 100), 
     rep(3, 80)),
mb_from = c(seq(1, 1000, by=10),
      seq(1, 1000, by=10),
      seq(1, 800, by=10)),
mb_to = c(seq(10, 1000, by=10),
    seq(10, 1000, by=10),
    seq(10, 800, by=10)),
score = c(sample(1:10, 100, replace = T),
       sample(1:10, 100, replace = T),
       sample(1:10, 80, replace = T))
)

И я пытаюсь построить фигуру, похожую (но не идентичную) на эту:

Я пытался использовать ggplot и geom_rect (), но безуспешно.

Любая помощь будет принята с благодарностью.

Answer 1

Вы можете попробовать пакет plotly, вот начало:

library(dplyr)
library(plotly)
library(RColorBrewer)

dat <- apply(dt,
      1,
      function(x) data.table(chromosome = x["chromosome"], mb = x["mb_from"]:x["mb_to"], score = x["score"])
) %>%
  rbindlist()

plot_ly(dat, x = ~chromosome, y = ~mb, z = ~score, type = "heatmap",
        colors = "RdYlBu", reversescale = T) %>%
  layout(yaxis = list(range = c(1000, 0)))