Причиной появления NaN являются несоответствия ваших индексов.Чтобы преодолеть это, вам нужно либо разделить на числовые массивы,
# <=0.23
df.values / df2[['x']].values # or df2.values assuming there's only 1 column
# 0.24+
df.to_numpy() / df[['x']].to_numpy()
array([[0.09090909, 0.18181818, 0.27272727],
[0.33333333, 0.41666667, 0.5 ],
[0.53846154, 0.61538462, 0.69230769]])
, либо выполнить выравнивание по оси, используя .div
:
df.div(df2['x'], axis=0)
a b c
0 0.090909 0.181818 0.272727
1 0.333333 0.416667 0.500000
2 0.538462 0.615385 0.692308