Если вы пытаетесь изменить свой пакет приложений, то вы лишите законной силы подпись в приложении и больше не будете его устанавливать. Все модификации элементов в вашем комплекте должны произойти до того, как Xcode создаст его и подпишет.
То же самое, если ваше приложение само изменяет (или пытается изменить) ваш пакет на iPhone.