Столбцы в X.quali, где все категории идентичны - PCAmixdata - PullRequest
Новая
       5

Столбцы в X.quali, где все категории идентичны - PCAmixdata

0 голосов
/ 04 июля 2019

Я использую PCAmixdata пакет, чтобы уменьшить размеры для нескольких категориальных столбцов. Тем не менее, я продолжаю получать

«В X.quali есть столбцы, в которых все категории идентичны».

Я не слишком уверен насчет групп и name.groups настроек.

Это образец из набора данных. 

Hybrid  G1  G5  G8  G9  G10
P1000:P2030 0   -1  0   1   0
P1006:P1384 0   0   0   0   1
P1006:P1401 0   NA  NA  NA  1
P1006:P1412 0   0   0   0   1
P1006:P1594 0   0   0   0   1
P1013:P1517 0   0   0   0   1

Я работаю над генетическим проектом в R. В этом наборе данных имеется 497 строк и 11 226 столбцов. Каждая строка представляет собой серию генетических маркеров для определенного гибрида, а каждый столбец представляет собой генетический маркер («G1», «G2» и т. Д.) Со значениями 1, 0, -1 и NA. Я пытаюсь уменьшить размерность, используя MFAmix, чтобы продолжить свои прогнозы. 

MFAmix(data = geno,groups=index,name.groups = colnames(geno))

Я установил их как seq(1, ncol(geno)) и colnames(geno) соответственно, где geno - это имя переменной для test_fill. Мне интересно, правильны ли эти настройки.

...