Вы видите только предупреждения о том, что вы не используете пакет SBML fbc для кодирования информации модели на основе ограничений.Скорее всего, вся информация, такая как границы потока и целевая функция, содержится в вашей модели, но в устаревшем формате (например, в формате КОБРЫ).Возможный способ обновить вашу модель до SBML L3 с помощью fbc - это использовать импорт и экспорт cobrapy, то есть
from cobra.io import read_sbml_model, write_sbml_model
model = read_sbml_model(input_path)
write_sbml_model(model, output_path)
Для экспорта используется последняя версия fbc.
Предупрежденияинформация о пакетах является лишь указанием на то, что соответствующая информация не используется в коберапии, т. е. в настоящее время ни макет, ни визуализация информации не анализируются и не используются в контексте коберапии.
StackOverflow - не лучший форум для коберапиивопросы.Лучшие посты на https://github.com/opencobra/cobrapy/issues и подобные вопросы на https://groups.google.com/forum/#!forum/cobra-pie
Отказ от ответственности: я являюсь автором парсера cobrapy SBML.