Как вы включаете изотоп в свой проект?
Я получил ту же ошибку после использования Node Package Manager (npm install isotope-layout --save из терминала) и обращения к isotope.js прямо из папки node_modules в моем проекте:
<script type="text/javascript" src="/node_modules/isotope-layout/js/isotope.js"></script>
Когда я вместо этого использовал версию изотопа, доступную в CDN:
<script type="text/javascript" src="https://unpkg.com/isotope-layout@3/dist/isotope.pkgd.js"></script>
изотоп успешно инициализирован.