Я бы предложил использовать что-то WiX (Windows Installer XML). Это инструментарий, который используют большинство продуктов от codeplex или OOB, и его довольно легко освоить.
Также имеется (в версии 3) надстройка IDE под названием Votive, которая помогает упростить процесс.
Лично я считаю использование WiX более гибким, чем использование встроенного шаблона установщика Visual Studio, хотя ваши средства могут отличаться. Взгляните на http://wix.sourceforge.net/, а также есть замечательный учебник на http://www.tramontana.co.hu/wix/.
Если кажется, что с чего-то трудно начинать, настойчиво - я это сделал, и теперь я нахожу это идеальным для того, что мне нужно.