Я бы использовал git / cvs / subversion / etc. хранилище, и просто используйте систему контроля версий, чтобы позволить вам обновить файлы / каталоги для обоих мест.
Существует ответ на вопрос об использовании базара именно таким образом. Этот ответ делает большую работу по объяснению структуры каталогов, которая используется таким образом, чтобы было ясно, куда идут все пакеты и файлы инициализации.
Что касается того, как / где хранить хранилище, я не знаю лучшего ответа на это. Если вы часто подключаетесь к работе (через VPN или что-то подобное), я бы рекомендовал разместить хранилище на работе. Если нет, то вы могли бы использовать sourceforge.net или какой-либо другой подобный сайт - но вы бы тогда выставляли все миру ... Возможно, эту часть вопроса лучше всего задать на serverfault .com .