Вышеуказанная ошибка и некоторые другие ошибки, которые возникли после, были связаны с протоколом MI, а также с scons и версией python. Я мог бы построить это с протоколом MESI.
python2.7 `which scons` build/X86/gem5.opt --default=X86 PROTOCOL=MESI_Two_Level
Сравнивая модифицированную версию InvisiSpec с оригинальной Gem5, я считаю, что автор статьи внес изменения в согласованность памяти, которая работает с протоколом MESI. Коды, связанные с другими протоколами, должны быть соответствующим образом обновлены.