После того как вы получили объект холста из метода html2canvas, используйте его контекст, чтобы снова нарисовать холст в желаемом разрешении.
Как, например,
function resizeCanvas(canvas, newHeight, newWidth)
{
var context = canvas.getContext('2d');
var imageData = context.getImageData(0, 0, canvas.width, canvas.width);
var newCanvas = document.createElement("canvas");
newCanvas.height = canvas.height;
newCanvas.width = canvas.width;
newCanvas.putImageData(imageData, 0, 0, 0, 0, newWidth, newHeight);
return newCanvas;
}