scanf("%c",&command);
возвращает 1, если вы читаете символ, 0 в конце файла, поэтому это не может быть 'y'
предупреждение также с новой строкой, которую вы будете читать, используя char за char (без пробела перед % c в формате)
вы можете сделать:
char command[4];
do{
...
printf("Do you want to run the program Again? \n Type y or n \n");
if (scanf("%3s",command) != 1) {
/* EOF */
break;
}
} while(*command == 'y');
Как вы можете видеть в scanf Я ограничиваю длину строки чтения до 3 (разрешая да / нет в случае ;-)), что позволяет не рисковать записывать из команда размером 3 + 1 для запоминания нулевого символа.