Щелкните правой кнопкой мыши по проекту установки в Solution Explorer, выберите View / Registry и в новом окне, которое появится, установите все необходимые ключи реестра. Вы можете делать аналогичные действия с файловой системой и выбирать, куда будет помещен каждый файл из вашего приложения и т. Д.