http://www.ti.com/lit/an/sloa132/sloa132.pdf
Самым большим недостатком использования SMBus по сравнению с I2C напрямую является скорость, SMBus поддерживает только до 100 кГц, а если вы используете I2C напрямую, он может работать до 2 МГц.
У RedHat была такая же задача, в конце я переключился на I2C, и все прошло хорошо.