если вы используете php, вы можете просто сделать два запроса с mysql_insert_id () между
mysql_query("INSERT IGNORE INTO jos_mt_links (link_id,link_name,alias)
VALUES(NULL,'tex2','hello')");
$newid=mysql_insert_id();
mysql_query("INSERT INTO jos_mt_cl (link_id,cat_id)
VALUES(LAST_INSERT_ID(),'".$newid."')");
re: comment - извините, всего пропустили, поэтому вам нужно выполнить 3 запроса
$result=mysql_query("SELECT * FROM tableFoo LEFT JOIN tableBar ON tableFoo.commonColumn = tableBar.commonColumn WHERE tableBar.commonColumn IS NULL");
$row=mysql_fetch_assoc($result);
mysql_query("INSERT IGNORE INTO jos_mt_links (link_id,link_name,alias)
VALUES(NULL,'".$row['linkfield']."','".$row['aliasfield']."')");
mysql_query("INSERT INTO jos_mt_cl (link_id,cat_id)
VALUES(LAST_INSERT_ID(),'".$row['catidfield']."')");
Я не знаю, как называются ваши поля в tableFoo и tableBar, поэтому просто замените linkfield / aliasfield / catidfield этими именами.