Мое понимание вашего вопроса состоит в том, что в настоящее время у вас есть два файла с их собственными "локальными" тектридами (которые ничего не делают случайно) и вы хотите третий документ, содержащий глобальные тектриды.Если это правильно, то вам просто нужно создать этот файл, указать его и указать, на какие документы ссылаться:
.. toctree::
:maxdepth: 2
file1
file2
Обратите внимание, что Sphinx заботится об уровне заголовков, а не самом документе., так как все ваши заголовки "toplevel", ваше глобальное toctree будет
не например,
Я не знаю, какой вы хотите, но если это последнее, вам нужно добавить в документ один заголовок «имя документа» верхнего уровня (обычно это заголовок, подчеркнутый и подчеркнутый, усилие по выделению текста невелико, так как это всего лишь один заголовок / строка, помеченная какпуть).