Ваша строка запроса недопустима, поскольку ее можно распознать как строку:
"SELECT GROUP_CONCAT( DISTINCT CONCAT("
, а остальное не имеет смысла:
'", REPLACE(user_id, ",", "','") , "'")) as listed_id FROM user_data"
Вы должны экранировать кавычки, когдаони заключены в одинаковые кавычки:
$this->db->query("SELECT GROUP_CONCAT( DISTINCT CONCAT(\"'\", REPLACE(user_id,
\",\", \"','\") , \"'\")) as listed_id FROM user_data");