Вы можете установить вашу сцену на неокрашенную, установить корень сцены на панели границ и создать свою собственную верхнюю панель.
BorderPane root = new BorderPane();
root.setTop(new Pane(bb, label));
Scene scene = new Scene(root, 400, 400);
ButtonBar topBar = new ButtonBar(… insert buttons in here....);
// eg: Button b = new Button("X); b.setOnAction(e->{stage.close();});
root.setTop(topBar);
stage.initStyle(StageStyle.UNDECORATED);