См. Пример ниже, где api - это ваш экземпляр flowplayer, а replaceclip - тот, который вы хотите начать использовать
var api = flashembed("player", {src:'FlowPlayerDark.swf'}, {config: ...}});
var replaceclip = {'url':'myvideo.mp4', 'autoplay':true};
<button onClick="api.playClip(replaceclip)">Play</button>