Если это командный файл, вам нужно два% символа перед вашей переменной А.
@echo off
SET /p Input=Enter prefix wanted ie "1906_0516_ORD_TGT5_":
Echo You entered: "%Input%"
Pause
for %%a in (*.*) do ren "%%a" "%Input%%%a"
Echo Successfully added %Input% to files.
Pause
Если вы запускали его только в окне cmd вручную, не используя пакетный файл, тогда вы просто используете1% вместо двух.