Самое простое решение, которое может работать в большинстве случаев, это просто создать символическую ссылку в /usr/local/bin, указывающую на ../../bin/perl. Другой альтернативой является использование perl (или awk или sed), чтобы изменить первую строку ваших файлов так, чтобы она указывала на правильное место. Немного больше работы, но не очень сложно.
Если по какой-то причине вам нужен частный Perl, и это на самом деле не так уж и ненормально для магазинов Perl, так же, как магазины Java будут иметь несколько плавающих JVM, или магазины C # будут иметь несколько уровней плавающего .NET / .NETCore. затем установка собственной копии из источника не займет много работы, хотя даже здесь я бы предложил установить куда-нибудь еще, а затем создать нужную символическую ссылку, чтобы упростить обновление и понижение по мере необходимости.