Следующий код оценивает содержимое файла строка за строкой как код Python. Однако, хотя это работает, это, вероятно, не оптимальное решение, тем более что оно может быть потенциально опасным и должно выполняться только в том случае, если вы уверены, что в файле не будет вредоносного содержимого.
import ast
arr = []
with open('values.txt', 'r') as f:
for line in f:
arr.extend(ast.literal_eval(line.replace("[ ", "[").replace(" ", ",")))
print(arr)