Мой общий хост не позволит мне установить ffmpeg и некоторые подобные библиотеки, будет ли он работать, если я просто загрузлю в flv?
Пока вы ссылаетесь на FLV из скрипта PHPmotion, тогда да.
Мнение: найдите хост, который позволяет ffmpeg, поскольку потенциальным пользователям будет тяжело кодировать свои FLV-файлы.