Генетическое соответствие с использованием соответствующего пакета - PullRequest
Новая
       19

Генетическое соответствие с использованием соответствующего пакета

0 голосов
/ 07 июня 2019

Я использую соответствующий пакет и функцию GenMatch.Я не понимаю единицу опции допусков на расстояние.

Я полагаю, что единица будет той же единицей, что и расстояние махаланобиса, то есть разницей между двумя квадратами наблюдений, разделенными на ковариационную матрицу дисперсии.

library(tidyverse)
library(Matching)
V0 <- c(0,1,0,1,0,1,0,1,0,1,0,1,0,0,0,0,0,1)
V1 <- c(0,10,20,30,41,51,60,70,80,90,101,110,120,118,64,61,42,140)
Tr <- as.numeric(V0)
X  <- cbind(V1) %>% as.matrix()

set.seed(4)
match <- Matching::GenMatch(Tr = Tr, X = X, replace = T, M = 1, ties = 
T,pop.size = 1000,wait.generations = 10,
                        distance.tolerance = 0.01) 
#dont know how to set this 
f<-match$matches

f %>% as_tibble() %>% add_column(V1[f[,1]],V1[f[,2]]) %>% as.data.frame %>% print()
sum(abs(V1[f[,1]]-V1[f[,2]])*f[,3])
sum(((V1[f[,1]]-V1[f[,2]]))**2*f[,3])
...