Итак, я попробовал несколько решений и нашел по вашей идее Эсбен Эйкхардт :
sample <- spdataframe[sample(1:length(spdataframe), 1000),]
К сожалению, sample_n из dplyr не работает с пространственными данными, и предлагаемое вами решение Энтони Саймон Мельничук не работает (выборка пустого кадра данных).